御祭神
藤基神社供奉德川家康的弟弟、村上藩內藤氏之祖──內藤信成公。他在戰國時代屢建戰功，江戶幕府成立後更擔任幕府的重要職務。

創建與由緒
17世紀時，內藤家在江戶邸宅內為信成公建立靈廟，並於1720年稱為「藤基神社」。1849年分靈遷至越後村上城內，建立現今的社殿。

現今信仰
歷代藩主祈求子孫繁榮與家運昌盛，因此如今藤基神社被廣泛尊崇為「守護之神」，特別靈驗於安產與育兒。同時，因鎮座於城郭的鬼門位置，也被視為開運、勝運之神。